Dwutlenek węgla (CO2) to obok pary wodnej jedyny produkt prawidłowo przebiegającej reakcji spalania certyfikowanego bioetanolu. Podczas pracy średniej wielkości palnika o mocy 2,5 kW ilość wytwarzanego CO2 jest zbliżona do ilości wydychanej przez 2–3 dorosłe osoby przebywające w tym samym pokoju.
Biokominek pracujący z dobrej jakości paliwem nie wytwarza trującego tlenku węgla (czadu), jednak akumulacja dwutlenku węgla w szczelnie zamkniętym wnętrzu bez wymiany powietrza może powodować uczucie senności, znużenia i spadek koncentracji. Dlatego bezwzględnym wymogiem eksploatacji jest zapewnienie sprawnej wentylacji grawitacyjnej lub mechanicznej z rekuperacją oraz kubatury min. 40 m³ na 1 kW mocy.
W nowoczesnych domach z bardzo szczelnymi oknami zaleca się rozszczelnienie mikrowentylacji w oknach na czas korzystania z paleniska, co gwarantuje stały dopływ świeżego tlenu.