Wygaszanie płomienia w biokominku to procedura kontrolowanego zdławienia ognia poprzez całkowite odcięcie dopływu tlenu do szczeliny palnika. Wykonuje się ją za pomocą zintegrowanej zasuwy przesuwnej lub dedykowanego uchwytu zagaszającego dostarczanego w komplecie z urządzeniem przez producenta.
Aby prawidłowo wygasić palenisko, należy jednym, zdecydowanym ruchem nasunąć stalową pokrywę na szczelinę z płomieniem. Brak dopływu tlenu powoduje natychmiastowe zgaśnięcie ognia w ułamku sekundy. Pod żadnym pozorem nie wolno gasić biokominka wodą – gwałtowne parowanie cieczy mogłoby doprowadzić do niebezpiecznego rozpryśnięcia płonącego bioetanolu po całym pomieszczeniu.
Po wygaszeniu płomienia należy bezwzględnie odczekać minimum 15–20 minut przed ponownym uzupełnieniem paliwa, aż stalowa komora paleniska całkowicie ostygnie.